Дар тули солҳои зиёд аз тарафи кормандони марказ таҳқиқотхо дар самтҳои гуногуни илми сурат гирифтаанд, аз он ҷумла омӯзиши таъсири мутақобилаи зарраҳои баландэнергияи нурҳои кайҳонӣ бо ҳастаҳои атомҳои гуногун дар доираи эксперименти байналмиллалии «Помир», омӯзиши ифлосшавии радиоактивии об дар дарёҳои фаросарҳадии Осиёи Миёна, таҳқиқи радиоэкологии ҳудуди Тоҷикистон ва ғайра.
Ҳамчунин аз тарафи кормандони марказ идея ва пешниҳодоти гуногун дар самтҳои муҳими илмӣ сурат гирифтаанд. Коркарди детекторҳои афканишоти радиоактивӣ яке аз самтҳои дигари фаъолияти илмии марказ аст. Айни ҳол дар доираи фаъолияти МБТФЯ моделсозии гузариши нурҳои кайҳони аз атмосфера ва детекторҳои бақайдгирии онҳо, инчунин моделсозии детекторҳои нейтронӣ сурат гирифта истодааст.
Кормандони марказ Донишгоҳи ба номи М.В.Ломоносови шаҳри Москва (МГУ им. М. В. Ломоносов) ва Пажуҳишгоҳи муҳандисиву физикии Москва (НИЯУ МИФИ)-ро хатм карда, дар ҳамкорӣ бо олимони ин муассисаҳо фаъолияти илмии хешро пеш бурда истодаанд.